Zahamena se trouve à cheval entre les régions Alaotra Mangoro et Analanjirofo. Il appartient à la forêt de l'Est de Madagascar qui s’étend sur 64.370 ha reparti en 42.300 ha pour le parc national et 22.100 ha pour la Réserve Nationale Intégrale.

La faune de Zahamena est composée de 112 espèces d’oiseaux, 29 espèces de poissons, 62 espèces d’amphibiens, 46 espèces de reptiles, 48 espèces de mammifères dont 13 sont des lémuriens. Quant à la flore, on y dénombre 151 espèces de Ptéridophytes, 60 espèces d’Orchidées, 22 espèces de Palmiers, 10 espèces de Pandanus, 511 espèces de plantes ligneuses.